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# Sandrine Dudoit
#
# Demo script for marrayClasses package -- Classes and methods for cDNA microarray data
#
# mysource("marrayClasses.demo.R", echo=TRUE, ask=TRUE) 
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# Load all the marray packages
library(marrayPlots)

# Load the swirl dataset
data(swirl)

# Description of swirl dataset
? swirl

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# Microarray classes
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# marrayRaw class
class(swirl)
getClassDef("marrayRaw")
slotNames("marrayRaw")
slotNames(swirl)

# Other microarray classes
getClassDef("marrayLayout")
getClassDef("marrayInfo")
getClassDef("marrayNorm")
getClassDef("marraySpots")
getClassDef("marrayTwo")

# See help files for greater details
# ? marrayRaw

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# Access slots of formal classes

# Using @ operator

swirl@maLayout

# Using slot function
slot(swirl, "maLayout")

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# Creating instances of a class

L<- new("marrayLayout")
L

L@maNspots<-100
L

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# Microarray methods

# Slot accessor methods

L<-maLayout(swirl)
L

maNspots(L)

maNspots(swirl)

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# Slot assignment methods

L<-maLayout(swirl)
maPlate(L)
maPlate(L)<-maCompPlate(swirl,n=384) 
maPlate(L)
tabulate(maPlate(L))

maPlate(swirl)<-maCompPlate(swirl,n=384) 
swirl

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# Printing methods

# We've used them all along!

swirl

maLayout(swirl)

maTargets(swirl)

maGnames(swirl)

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# Subsetting methods

swirl[1:100,2:3]

L[1:100]

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# Coercing methods

# From marrayRaw to marrayNorm
swirl.norm<-as(swirl, "marrayNorm")
swirl.norm

# From marrayRaw to exprSet (see Biobase package)
as(swirl, "exprSet")   

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# Functions for computing layout parameters

tabulate(maCompPlate(swirl,n=384))

tabulate(maPrintTip(swirl))

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# All methods for marrayRaw class
showMethods(classes="marrayRaw")

# Print methods
showMethods("print")

# Accessor and assignment methods for maNgr slot
showMethods("maNgr")
showMethods("maNgr<-")

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