###########################################################################
# Sandrine Dudoit
#
# Demo script for marrayInput package -- Data input for cDNA microarrays
#
# mysource("marrayInput.demo.R", echo=TRUE, ask=TRUE) 
###########################################################################
# Load all the marray packages
library(marrayPlots)

# Load the swirl dataset
data(swirl)

# Description of swirl dataset
? swirl

###########################################################################
# Main input functions

datadir <- system.file("data", package="marrayInput")
dir(datadir)

#########################
# read.marrayLayout

swirl.layout <- read.marrayLayout(fname=file.path(datadir, "fish.gal"),
                                  ngr=4, ngc=4, nsr=22, nsc=24,
                                  skip=21,ctl.col=4)
ctl<-rep("Control",maNspots(swirl.layout))
ctl[maControls(swirl.layout)!="control"]<-"N"
maControls(swirl.layout)<-factor(ctl)

#########################
# read.marrayInfo

swirl.samples <- read.marrayInfo(file.path(datadir, "SwirlSample.txt"))
swirl.gnames <- read.marrayInfo(file.path(datadir, "fish.gal"),
                         info.id=4:5, labels=5, skip=21)

#########################
# read.marrayRaw
names <- dir(path=datadir,pattern=paste("*", "spot", sep="\."))
swirl.raw <- read.marrayRaw(fnames, path = datadir,
                             name.Gf = "Gmean", name.Gb = "morphG",
                             name.Rf = "Rmean", name.Rb = "morphR",
                             layout = swirl.layout,
                             gnames = swirl.gnames,
                             targets = swirl.samples
                             )

###########################################################################
# Widgets

# widget.marrayRaw()


###########################################################################